在墨西哥，如果碎石機醫療器械的注冊申請不合格，通常會收到COFEPRIS的反饋，指出哪些方面不滿足要求。以下是處理不合格注冊申請的步驟：

1. 分析反饋：仔細分析COFEPRIS提供的反饋意見，確定哪些具體要求未被滿足。

2. 準備補充材料：根據反饋意見，準備必要的補充材料或修改現有材料，以解決存在的問題。這可能包括提供額外的技術數據、改進設計文檔或提供更詳細的臨床評價報告。

3. 提交補充材料：通過COFEPRIS的在線系統或建議方式提交補充材料，并所有文件都符合規定的格式和要求。

4. 等待再次評審：COFEPRIS將對提交的補充材料進行重新評審。在此期間，保持與COFEPRIS的溝通，以便及時回應任何進一步的要求或疑問。

5. 處理結果：如果補充材料被接受，注冊申請將繼續進行；如果仍不符合要求，可能需要再次進行修訂或提供更多信息。

6. 避免類似問題：在未來的注冊申請中，遵循COFEPRIS的所有指導原則和要求，以減少再次出現不合格情況的風險。

7. 考慮幫助：如果遇到復雜問題或不確定如何解決特定要求，考慮聘請具有墨西哥醫療器械注冊經驗的人士或律師提供協助。

請注意，以上步驟是基于一般情況下的處理流程，具體操作可能需要根據COFEPRIS的實際要求和當前的法規進行調整。始終建議與COFEPRIS保持密切溝通，并遵循其提供的較新指導和建議。